Universitas Hasanuddin sebagai induk penyelenggara Program Pascasarjana diresmikan pada tanggal 10 September 1956 oleh Wakil Presiden pertama Republik Indonesia, Drs. Moh. Hatta. Namun cikal bakal dimulainya Program Pascasarjana dimulai 34 tahun kemudian (1980), ketika Rektor Universitas Hasanuddin, Prof. Dr. A. Amiruddin membentuk Panitia Persiapan Pendidikan Pascasarjana yang diketuai oleh Prof.Dr. Ir Fachrudin. Tugas panitia adalah mempersiapkan dibukanya Pendidikan Pascasarjana jenjang Magister (S2) guna memenuhi kebutuhan dosen dalam meningkatkan proses belajar mengajar di perguruan tinggi, serta untuk memenuhi kebutuhan daerah dan nasional pembangunan di Indonesia.

Atas kerja keras panitia, Dirjen Dikti Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan akhirnya mengeluarkan Surat Keputusan No. 325 / D / T / 1982, dimana Universitas Hasanuddin dipercaya untuk membuka Pendidikan Pascasarjana bekerjasama dengan Institut Bogor Pertanian (IPB) dalam bentuk program Credit Earning Activities (KPK). Saat itu, terdapat empat program studi yang ditawarkan yaitu Sistem Pertanian, Perencanaan dan Pembangunan Wilayah, Pengelolaan Lingkungan dan Sumber Daya Ekonomi, sedangkan Program Pasca Sarjana dipimpin oleh Prof.Dr.Ir Fachrudin sebagai ketua dan Dr. Sjamsuddin Rasjid, M.Sc ., sebagai sekretaris.

Empat tahun kemudian, Program Pascasarjana Universitas Hasanuddin diakui menjadi Fakultas Pascasarjana berdasarkan Keputusan Presiden Nomor 52 Tahun 1986 tanggal 11 Oktober 1986, dan dikukuhkan oleh Prof.Dr. Fuad Hassan selaku Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia, pada tanggal 9 Desember 1986. Bersamaan dengan pengukuhan Fakultas Pascasarjana, perjanjian kerjasama antara Universitas Hasanuddin dengan Institut Pertanian Bogor (IPB) tentang Program Doktor (S3) bidang Ilmu Pertanian juga ditandatangani.

Saat itu, Dekan Pascasarjana dialihkan dari Prof. Dr.Ir. Fachrudin yang diangkat sebagai Rektor Universitas Hasanuddin menjadi Prof.dr. Hardjoeno dibantu oleh Dr. A. Karim Saleh selaku Pembantu Dekan Bidang Akademik, Dr.Ir. Anna K. Pairunan sebagai Pembantu Dekan Bidang Administrasi dan Keuangan dan Dr.Syahruddin Kadir sebagai Pembantu Dekan Bidang Kemahasiswaan. Pada periode ini Fakultas Pascasarjana telah meluluskan 5 Magister sebagai alumni pertama.

Empat tahun setelah Fakultas Pascasarjana diresmikan, Undang-Undang Sistem Pendidikan Nasional dan Peraturan Pemerintah No. 30 tahun 1990 dikeluarkan oleh Pemerintah, diikuti dengan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 0311/0/1991 tanggal 6 Juni 1991 tentang Pengubahan Fakultas Pascasarjana menjadi Program Pasca Sarjana di semua perguruan tinggi negeri dan institut di Indonesia, termasuk Program Pascasarjana Universitas Hasanuddin.

Pada periode ini, Studi Pascasarjana Universitas Hasanuddin kembali diselenggarakan oleh Prof.dr. Hardjoeno, sedangkan asisten bidang akademik dijabat oleh Prof.Dr. A. Karim Saleh diserahkan kepada Dr.Ir. Mas’ud Junus, M.Sc., karena diangkat sebagai Dekan Fakultas Ekonomi sedangkan dua orang pejabat lainnya yaitu Dr.Ir. Anna K. Pairunan dan Dr.Syahruddin Kadir, M.Sc. tetap di posisi semula.

Selanjutnya pada tahun 1992, setelah Prof.dr. Hardjoeno sudah menyelesaikan keketuaannya, Ketua Program Pascasarjana selanjutnya dijabat oleh Prof.Dr. Sumali Wiryowidagdo sebagai Direktur dan dibantu oleh dr.A. Husni Tanra, Ph.D., sebagai Asisten Direktur I dan Dr. Syahruddin Kadir, M.Sc. sebagai Asisten Direktur II. Empat tahun kemudian, Prof.dr. A. Husni Tanra Ph.D. dipromosikan menjadi Direktur dan dibantu oleh Prof.Dr.Ir. Ananto Yudono, M.Eng. sebagai Asisten Direktur Akademik dan Riset, Dr. Hafied Cangara, M.Sc. sebagai Asisten Direktur Administrasi dan Keuangan, dan Dr. Syahruddin Kadir, M.Sc. sebagai Asisten Direktur Kerja Sama dan Pengembangan.

Pada tahun 2002 Ketua Pascasarjana dijabat oleh Prof.Dr.Ir.M.Natsir Nessa, MS., Sebagai Direktur, dibantu oleh Prof.Dr.Sumarwati Kramadibrata Poli, M.Lit. sebagai Asisten Direktur Bidang Akademik dan Prof.Dr.Aminuddin Salle, SH, MH. sebagai Asisten Direktur Administrasi, Keuangan dan Kerjasama. Pertengahan tahun 2004 dilakukan penggantian Asisten Direktur Administrasi dan Keuangan, yang kemudian dipercayakan kepada Dr.Ir. Thamrin Idris, MS menggantikan Prof.Dr. Aminuddin Salle, SH., MH. Yang dipromosikan menjadi Koordinator Perguruan Tinggi Swasta Wilayah IX.

Sejak Juli 2006 Ketua Program Pasca Sarjana dijabat oleh Prof.Dr.dr.A.Razak Taha, M.Sc. sebagai Direktur dan dibantu oleh Prof.Dr.Sumarwati Kramadibrata Poli, M.Lit. sebagai Asisten Direktur Bidang Akademik dan Prof.Dr.Ir.Basit Wello, M.Sc. sebagai Asisten Direktur Administrasi, Keuangan dan Kerjasama. Pada bulan Mei 2007 dibentuk Pembantu Direktur III sebagai Penjaminan Mutu, Monitoring dan Evaluasi, Pembinaan Kemahasiswaan dan Hubungan Alumni dan dijabat oleh Prof.Dr.Ir. Ambo Tuwo, DEA.

Pada bulan Juli 2010 pimpinan Program Pascasarjana diketuai oleh Prof.Dr. Ir Mursalim sebagai Direktur dan dibantu oleh Prof.Dr.Ir. Ambo Tuwo, DEA sebagai Asisten Direktur Bidang Akademik, Prof.Dr. Syamsul Bahri, SH, MS., Sebagai Asisten Direktur Administrasi dan Keuangan; Sedangkan Asisten Direktur Penjaminan Mutu, Monitoring dan Evaluasi, Pengembangan Kemahasiswaan dan Hubungan Alumni dijabat oleh Prof.dr. Veni Hadju, Ph.D.

Kemudian sejak Juli 2014 Program Pascasarjana diketuai oleh Prof. Dr. Syamsul Bahri, SH, MS; dibantu oleh Prof.Dr.dr. Suryani As’ad, M.Sc sebagai Asisten Direktur Bidang Akademik; Prof.Dr. Hamka, M.A. sebagai Asisten Direktur Administrasi dan Keuangan, dan Prof. Dr Ing. Herman Parung sebagai Asisten Direktur Kerja Sama, Pengembangan Kemahasiswaan dan Alumni.

Pada bulan April 2016 pimpinan Program Pascasarjana diketuai oleh Prof. Dr. Muhammad Ali, SE, MS; dibantu oleh Prof.Dr.dr. Suryani As’ad, M.Sc sebagai Asisten Direktur Bidang Akademik; Prof.Dr. Hamka, M.A. sebagai Asisten Direktur Administrasi dan Keuangan, dan Prof. Dr Ing. Herman Parung sebagai Asisten Direktur Kerja Sama, Pengembangan Kemahasiswaan dan Alumni.

Pada Juli 2018 pimpinan Program Pascasarjana diketuai oleh Prof. Dr. Ir. Jamaluddin Jompa, MSc; dibantu oleh Prof.Dr.Ir. Laode Asrul, M.P. sebagai Asisten Direktur Bidang Akademik; Prof.Dr. Hamka, M.A. sebagai Asisten Direktur Administrasi dan Keuangan, dan Prof. Dr Ing. Herman Parung sebagai Asisten Direktur Kerja Sama, Pengembangan Kemahasiswaan dan Alumni.

Setelah 30 tahun penyelenggaraan Pendidikan Pascasarjana di Universitas Hasanuddin, total alumni sampai dengan September 2018 sebanyak 2.232 doktor (Ph.D), dan 23.875 Magister. Jumlah program studi yang tersedia hingga saat ini adalah 49 program studi Magister (S2) dan 20 program studi doktor (S3).